Jeszcze inną kluczową różnicą między anarchistami a marksistami jest stosunek do tego, jak ruch przeciw kapitalizmowi powinien być organizowany tu i teraz. Anarchiści przekonują, że powinien on przybierać kształty przyszłego, upragnionego społeczeństwa -- a mianowicie powinien być samorządny, zdecentralizowany, zorganizowany oddolnie w górę w strukturach federacyjnych. Taki punkt widzenia można zauważyć w cieszącym się zasłużoną sławą "Okólniku Szesnastu":
"Przyszłe społeczeństwo nie powinno być niczym innym, jak tylko uniwersalizacją tego typu organizacji, jaki Międzynarodówka ustanowi dla siebie samej. Dlatego musimy zadbać, aby doprowadzić tę organizację tak blisko naszego ideału, jak to tylko się da (...) Jakże ktoś mógłby oczekiwać, że wolne, egalitarne społeczeństwo wyrośnie z autorytarnej organizacji? Jest to niemożliwe. Międzynarodówka, ten zarodek przyszłego społeczeństwa ludzkiego, musi być od tej pory wiernym obrazem naszych zasad wolności i federacji" [cytat podany przez Marksa, Fictitious Splits in the International].
W tym okólniku po prostu pobrzmiewają echa argumentów Bakunina, że "organizacja poszczególnych branży przemysłu, ich federacja w Międzynarodówce i ich reprezentowanie przez Izby Pracy nie tylko tworzy wspaniałą uczelnię, na której robotnicy Międzynarodówki, łącząc teorię i praktykę, mogą i muszą studiować nauki ekonomiczne, ale także nosi w sobie żywe zarodki przyszłego porządku społecznego, mającego zastąpić świat burżuazyjny. Tu się rodzą nie tylko idee pzyszłości, ale też i sama przyszłość jako fakt dokonany" [cytat podany przez Rockera, Anarcho-Syndicalism, s. 45]. Anarchiści stosują tę wizję do wszystkich organizacji, w których uczestniczą, podkreślając, że jedynym sposobem, jakim możemy stworzyć samorządne społeczeństwo, jest samorządność naszych własnych walk i organizacji. W ten sposób przekształcamy nasze organizacje klasowe (a tak naprawdę i samą walkę klas) w praktyczną i skuteczną "szkołę anarchizmu", w której uczymy się, jak kierować swoimi własnymi sprawami bez hierarchii i szefów.
Marksiści odrzucają ten tok rozumowania. Zamiast tego podkreślają znaczenie centralizacji i uważają argumentację anarchistów za utopijną. Aby walka była skuteczna, niezbędna jest - ich zdaniem - ścisła centralizacja, ponieważ klasa kapitalistów i państwo są również scentralizowane. Innymi słowy, aby walczyć o socjalizm, trzeba się organizować w taki sposób, jaki okazał się dobry dla kapitalistów -- gasić ogień ogniem. Niestety zapominają oni, że do wygaszenia ognia konieczna jest woda. Dodanie nowych płomieni tylko jeszcze zwiększy spalanie, nie wygasi ognia!
Oczywiście Marks błędnie przedstawił stanowisko anarchistów. Przekonywał, że ich zdaniem paryscy komunardzi "nie ponieśliby klęski, gdyby zrozumieli, że Komuna to »zarodek przyszłego społeczeństwa ludzkiego« i odrzucili precz wszelką dyscyplinę i wszelką broń -- a więc rzeczy, które będą musiały zaniknąć, kiedy nie będzie już więcej wojen!" [Ibid.]. Nie trzeba powtarzać, że jest to po prostu karykaturalne oczernienie punktu widzenia anarchistów. Anarchiści, co staje się jasne po przeczytaniu rzeczonego okólnika, przyznają, że nie możemy totalnie odwzorować przyszłości, a więc obecny ruch może być zaledwie doprowadzony "tak blisko naszego ideału, jak to tylko się da". Toteż musimy robić takie rzeczy, jak walka z szefami, wzniecanie powstań, rozbicie państwa czy obrona rewolucji, których nie musielibyśmy robić w społeczeństwie socjalistycznym. Niestety takiego zdrowego rozsądku brakuje u Marksa, który za to decyduje się na głoszenie totalnych bzdur, aby zyskać tani poklask w polemice z anarchistami. Marks nigdy nie udzielił odpowiedzi w zasadniczej kwestii -- jak ludzie staną się zdolni do kierowania społeczeństwem, jeśli nie będą bezpośrednio kierowali swoimi własnymi walkami i organizacjami? Jak może powstać do życia samorządne społeczeństwo, jeśli ludzie nie będą ćwiczyli tej samorządności tu i teraz? Czy ludzie będą potrafili stworzyć społeczeństwo socjalistyczne, jeżeli nie będą wprowadzali jego podstawowych idei w czyn w swoich obecnych walkach i organizacjach?
Zważywszy na tezy samego Marksa i jego zwolenników, że ich teoria jest rdzennie proletariacka, dowiadujemy się, że - jak na ironię - to właśnie stanowisko Marksa pozostawało w sprzeczności z najdawniejszym ruchem robotniczym, a nie stanowisko Bakunina i anarchistów. Historyk Gwyn A. Williams zauważa, że w najwcześniejszym brytyjskim ruchu robotniczym "nie było przywódców", a organizacje były "świadomie wzorowane na społeczeństwie obywatelskim, które pragnęły stworzyć" [Artisans and Sans-Culottes, s. 72]. Nie jest zatem niespodzianką, że Lenin potępił fakt, iż dawni brytyjscy robotnicy "uważali za nieodzowny warunek demokracji, aby wszyscy wykonywali zadania kierownicze w związkach zawodowych" jako "prymitywną demokrację", "absurdalną". Narzekał też na to, "jak szeroko rozpowszechnione jest to »prymitywne« pojmowanie demokracji wśród mas studenckich i robotniczych" w Rosji [Essential Works of Lenin, ss. 162-3]. Staje się więc jasne, że stanowisko anarchistów odzwierciedla idee samego ruchu robotniczego z okresu, zanim jeszcze uległ on reformistycznemu i biurokratycznemu zwyrodnieniu, podczas gdy marksizm odzwierciedla idee tego ruchu już w okresie degeneracji. Nie trzeba też przypominać, że porównanie rewolucyjnego charakteru wczesnego ruchu związkowego z reformizmem i biurokratyczną kontrolą w tym ruchu po ustanowieniu "pełnoetatowych profesjonalnych urzędników" wyraźnie pokazuje, kto miał rację!
Wiąże się z tym również fakt, że marksiści (a zwłaszcza leniniści) sprzyjają centralizacji, podczas gdy anarchiści popierają decentralizację w ramach organizacji federacyjnych. Przez co anarchiści wcale nie uważają, że decentralizacja wiąże się z izolacją albo wąsko pojętym lokalnym patriotyzmem. Zawsze podkreślaliśmy znaczenie federalizmu dla koordynowania decyzji. Władza powinna ulec decentralizacji, ale federalizm zapewnia zbiorowe podejmowanie decyzji i zbiorowe działania. W systemach scentralizowanych - przekonują anarchiści - władza zostaje oddana w ręce garstki przywódców. Nie koordynują oni wtedy rzeczywistych interesów i potrzeb ludzi. Centralizm oznacza po prostu narzucenie ludziom woli garstki przywódców, którzy twierdzą, że "reprezentują" masy. Mówiąc inaczej, w systemie scentralizowanym koordynacja zostaje zastąpiona przymusem, a potrzeby i interesy ogółu zostają zastąpione potrzebami i interesami nielicznych przywódców z ośrodka władzy.
W podobny sposób anarchiści i marksiści różnią się co do postrzegania ekonomicznego i społecznego charakteru przyszłego ustroju socjalistycznego. Chociaż powszechnie się zakłada, że anarchiści i marksiści pragną tego samego rodzaju społeczeństwa, a nie zgadzają się tylko co do środków prowadzących do jego urzeczywistnienia, to w rzeczywistości występują istotne różnice między ich wizjami społeczeństwa socjalistycznego. Chociaż obydwa te ruchy stawiają sobie za cel wywalczenie bezpaństwowego społeczeństwa komunistycznego, to jego faktyczna struktura jest u każdego z nich odmienna. Anarchiści postrzegają je jako zdecentralizowane od fundamentów, podczas gdy marksiści skłaniają się do tworzenia wizji, w której panuje fundamentalna centralizacja. Ponadto marksiści tacy jak Lenin uważali, że "socjalizm" można pogodzić z jednoosobowym kierowaniem produkcją przez dyrektorów mianowanych przez państwo, wyposażonych w "dyktatorską" władzę (zobacz dalszą dyskusję na ten temat w sekcji H.4). Sprawia to, że zdaniem anarchistów bolszewicka wizja "socjalizmu" nie jest niczym więcej jak tylko wizją państwowego kapitalizmu -- w którym państwo zastępuje szefa w roli wyzyskiwacza i ciemięzcy klas pracujących. Ponieważ omówimy te kwestie w sekcjach H.3.8 i H.4, nie będziemy robili tego już tutaj.
Marksiści, nie potrafiąc zrozumieć doniosłości wprowadzania wizji wolnego społeczeństwa do obecnej walki klasowej, pomagają kapitalistom w staraniach, aby takie społeczeństwo nigdy nie zostało stworzone. Powielając burżuazyjne środki osiągania celów w swoich "rewolucyjnych" organizacjach (partiach i związkach zawodowych) marksiści mogą być pewni, że osiągną też i burżuazyjne cele (nierówności i ucisk).